Arnoud Boot bracht vele wetenchappelijke publicaties uit op het terrein van financiële intermediatie en corporate finance: bijvoorbeeld over de toegevoegde waarde van relatie georiënteerd bankieren, de regulering van de financiële sector, maar ook over corporate governance-vraagstukken. Ook adviseert hij over onder meer eigendomsvraagstukken, wet- en regelgeving voor de financiële sector, mededingingsvraagstukken, de financiële structuur van ondernemingen, en over strategische vraagstukken betreffende de positionering van financiële instellingen.

Hij schrijft columns voor Het Financieele Dagblad en incidenteel voor Nederlandse en buitenlandse tijdschriften en weekbladen waaronder de Financial Times. Hij is geregeld te zien als deskundige in actualiteitenrubrieken als Nieuwsuur, maar ook bijvoorbeeld in de documentaire Zandkastelen uit 2002 van regisseur Alexander Oey over de gevaren van het wereldwijde financiële systeem.

Hij werkt momenteel als hoogleraar in ondernemingsfinanciering en financiële markten aan de Universiteit van Amsterdam en is co-director van het Amsterdam Center for Law & Economics (ACLE). Verder is hij directeur voor het Amsterdam Centre for Corporate Finance (ACCF) en onderzoeksvennoot van het Centre for Economic Policy Research (CEPR) in Londen.

Arnoud Boot is lid van de Wetenschappelijke Raad voor het Regeringsbeleid (WRR), kroonlid van de Sociaal-Economische Raad (SER) en voorzitter van de Bankraad van de De Nederlandsche Bank. Arnoud Boot is ook lid van de Koninklijke Nederlandse Academie van Wetenschappen (KNAW), voorzitter van de Koninklijke Vereniging voor de Staathuishoudkunde en lid van het Advisory Scientific Committee of the European Systemic Risk Board (ESRB) in Frankfurt.